Богдхан уул нь XII зууны үеэс дархлан хамгаалсан ариун шүтлэгтэй уул юм.

1778 онд дархалсан энэ газар (АНУ-ын Шар чулуутын Үндэсний цэцэрлэгт хүрээлэнгээс бараг 100 жилийн өмнө) нь Монголын хамгийн анхны дархан цаазат газар бөгөөд дэлхийн хамгийн ууган дархан цаазтай газар юм.

1778 онд Их хүрээний сайд ван Юндэндорж, харьяа түшмэл Санжаадорж нарын айлтгал бичгээр Богдхан уулыг тахих, Хан-Уул цолыг өргөх зарлиг гарснаар  Богдхан уул гэх болсон гэдэг.

Богдхан уулын хоёр ноён оргилд Цэцээ гүн, Түшээ гүн гэсэн цол олгож, жил бүр улсын сангаас цалин пүнлүү олгодог байсан байна. Мөн энэ үеэс Богдхан ууланд Өмнийг Тэтгэгч Цагаан Лавай Дүнжингарав гэдэг нэрийг өгсөн гэдэг.  1779 оны шарагчин гахай жил Халх дөрвөн аймаг, шавь таваараа нийлэн тахиснаас хойш зарлигаар жилд хоёр удаа зун, намарт тахьдаг байсан бөгөөд хувьсгалын жилүүдэд тахилга тасалдсан байсан ч 1995 он Улаанбаатар хот үүсгэн байгуулагдсаны 365 жилийн ойгоор Цэцээ гүний оргилыг тайх уламжлалыг сэргээх Монгол улсын ерөнхийлөгчийн 110 дугаар зарлиг гарснаар төрийн тахилгын ёслолыг  5 жилд нэг удаа үйлддэг болсон.

13-р зууны үед Монголын Хэрэйд аймгийн ван хаан Тоорил Богдхан уулыг онголон дархалж байсан тухай Монголын нууц товчоонд тэмдэглэгдсэн байдаг.

1809 оноос Хан-уулыг хамгаалах, тогтоосон ёс горимыг нь сахиулах үүрэг бүхий цагдаа цэрэгтэй болгож тус уулын том жижиг нийлсэн 32 амны 27-д нь дээрх эрх бүхий цагдаа  суулган, нутаг дэвсгэрт нь орох зөвшөөрлийг Богд хаан өөрөө гардан өгдөг журам тогтоож байжээ.

ЮНЕСКО-гийн  Дэлхийн хүн ба шим мандлын нөөц газрын сүлжээ /(МАВ)-нд 1996 онд бүртгэгдснээр дэлхийд Монгол улсаас анх удаа хүн ба шим мандлын нөөц газарт бүртгэгдсэн газар болсон юм. 

Богдхан уулын дархан цаазат газрын хамгаалалтын захиргаа нь БНМАУ-ын Байгаль орчныг хамгаалах яамны Сайд, Улаанбаатар хотын АДХ-ын гүйцэтгэх захиргаа /хуучны нэрээр/-ны дарга нарын 1988 оны 4-р сарын 18-ны өдрийн хамтарсан 63/98-р тушаалаар байгуулагдсан.

Тус хамгаалалтын захиргаа нь 41 ажилтантай, үүнээс 16 захиргааны ажилтан, 25 байгаль хамгаалагч, гэрээт ажилтаны орон тоо, бүтэцтэйгээр ажиллаж байна.